Органи управління функціональною підсистемою — Міністерство агропромислового комплексу України, а також Державний департамент ветеринарної медицини, Центральна державна станція родючості грунтів та захисту рослин "Центрдержагрозахист", Головна державна інспекція з карантину рослин, призначені в межах своєї компетенції для безпосереднього керівництва діяльністю щодо запобігання і реагування на надзвичайні ситуації.