Система захисту електронних банківських документів складається з комплексу апаратно-програмних засобів криптографічного захисту та ключової системи до них, технологічних і організаційних заходів щодо захисту інформації в інформаційно-обчислювальній мережі НБУ.
2.4. Система захисту електронних банківських документів охоплює всі етапи розробки, впровадження та експлуатації програмно-технічного забезпечення інформаційно-обчислювальної мережі та включає чіткий розподіл відповідальності на кожному етапі підготовки, обробки та виконання електронних банківських документів на всіх рівнях.
2.5. Система захисту електронних банківських документів в інформаційно-обчислювальній мережі є єдиною для усіх інформаційних задач НБУ і СЕП. Для підвищення ступеня захисту електронних розрахункових документів у СЕП використовуються додаткові засоби, включаючи бухгалтерський контроль. Технологічні та криптографічні засоби безпеки використовуються не тільки в СЕП, а й у всіх інформаційних задачах НБУ.